Das Museum befinden sich auf der Rückseite der Basilika. Man kann darin eine Säbelsammlung aus dem 16. bis 20. Jahrhundert, Husarenhelme, eine große Sammlung kontuszischer Gürtel, königliche Briefe und Erinnerungsstücke im Zusammenhang mit dem Kampf der Polen um Unabhängigkeit sehen. Es gibt hier auch Ölgemälde zu sakralen Themen aus dem 17. bis 19. Jahrhundert und Grafiken von Rembrandt Harmenszoon van Rijn und auch solche, die aus der Werkstatt von Peter Paul Rubens stammen.

Die Museumssammlung umfasst auch Handschrifte polnischer Schriftsteller aus der Romantik, des Positivismus und des jungen Polens, alte polnische und ausländische Druckgrafiken vom 16. bis 18. Jahrhundert, päpstliche Bullen, königliche Dokumente von Władysław Jagiełło bis Stanisław August Poniatowski, Erinnerungsstücke aus sowjetischen Gulags und NS-Lager. Kupferstiche europäischer Künstler vom 16. bis 20. Jahrhundert Giovanni Vitalby, Stefano della Belli, Jan Piotr Norblin, Daniel Chodowiecki, Michał Płoński, Władysław Skoczylas sowie Zeichnungen von Jan Matejko und Henryk Siemiradzki und Aquarelle von Juliusz Kossak. Es ist erwähnenswert, dass das Museum auch eine der größten Dokumentenbestände des Januaraufstands in Polen besitzt.